Bienvenido
esperanto/calvosaez, podías haber leído las noticias para no superpoblar el foro
Centrándonos en el tema del hilo, al pasar a mkv supongo que aplicarás compresiones con lo que la calidad no será la misma, teniendo en cuenta esto y que si no tienes mucha idea de comprimir como yo mejor quedarse con el DVD completito. Release como la que pides ya está en Internet, pero...
Para extraer los subtítulos te recomiendo el programa SubRip, lo puedes descargar
aquí y supongo que un buen manual para seguir es
esté.
Para el tratamiento del video y el audio tienes las opciones de los programas Gordian Knot y MeGUI, personalmente me inclinaría por esté último ya que me parece que permite más posibilidades.
Finalmente para ensamblar todas las piezas en el preciado MKV que quieres tendrás que utilizar el programa Mkvextract GUI.
Siento no darte más detalles de los programas o manuales, pero google seguro que te ayuda con ello, hay que leer mucho y probar otro tanto