Si me permitís dar mi opinión con respecto al mkv diré que la idea de un mkv es meter más capítulos en dvd conservando la misma calidad ya que con menos bitrate se puede obtener la misma calidad.
Un DVD utiliza mpeg2 pero para mkv se utiliza el mpeg4 con codecs más eficientes como xvid, vc-1 o h264 y esto significa que se puede obtener la misma calidad que un mpeg2 en menos tamaño, por lo tanto más episodios por dvd o en un usb, lo que querais para guardar los mkv. No le veo mucho sentido guardar los archivos originales en contenedor mkv ya que ocupan lo mismo, además para eso prefiero el formato dvd con menús y todo.
Para obtener la misma calidad en menos tamaño con otro codec no se debe utilizar nunca el mpeg2 de esta release de DVD Video, sinó que hay que comenzar de cero, utilizando el video original japonés y aplicarle los mismos filtros que para esta release pero comprimirlo con otro codec y eso solo lo pueden hacer los del dragon team, que saben cuales son los filtros y como utilizarlos.
Si hablamos de hacerlo lo más compatible posible está claro que habería que olvidarse de algunas cosas. Lo más compatible siempre será el contenedor avi, con audios en mp3, y sub en srt en un fichero aparte pero el fichero tendría que llevar el mismo nombre que el archivo y estar en el mismo directorio que el archivo para poderse reproducir.
Bueno, ultimamente ya hay reproductores que reproducen mkv con codecs como h264 o vc-1 pero lo más compatible ya sabeis lo que es.